[踩坑记录] STAR比对大基因组时的内存溢出与临时文件报错终极解决方案

2025-01-12 | 类别：报错处理笔记 (Troubleshooting)

最近在处理 11Gb 大小的复杂基因组时，STAR 比对频频报错。从 limitGenomeGenerateRAM 的内存限制，到 ulimit -n 的文件句柄耗尽，再到 sjdbInsertNsj 的剪接位点溢出。

1. 内存限制问题

STAR 在构建索引时需要大量的内存。对于大基因组，默认的内存设置往往不够用。我们需要调整 `limitGenomeGenerateRAM` 参数。

--limitGenomeGenerateRAM 150000000000

2. 文件句柄耗尽

在处理大量 reads 时，STAR 可能会打开过多的临时文件，导致达到系统的 `ulimit -n` 限制。可以通过以下命令查看和修改限制：

ulimit -n 65535

3. 剪接位点溢出

当 intron 数量非常多时，可能会遇到 `sjdbInsertNsj` 报错。这不是内存问题，而是缓冲区大小问题。

总结

通过调整上述参数，最终在 130 线程的服务器上成功完成了比对任务。